• 2003
    • 3月17日,时任浙江省委书记习近平率浙江省党政代表团赴清华大学,商讨共建浙江省清华长三角研究院事宜。
    • 12月31日,浙江省人民政府与清华大学共建浙江清华长三角研究院签约仪式在杭州举行。
  • 2004
    • 3月23日,时任浙江省委书记习近平听取长三院筹建工作汇报并视察工地。
  • 2005
    • 4月10日,时任浙江省委书记习近平出席长三院奠基仪式。
  • 2007
    • 11月10日,长三院首创主要污染物排污权交易办法,并推动在嘉兴市设立国内首家排污权储备交易中心。
  • 2008
    • 10月22日,长三院总部大楼落成。
    • 10月29日,时任中共中央政治局常委、国家副主席习近平视察长三院微环境控制技术研究中心。
  • 2009
    • 10月25日,长三角科学仪器产业技术创新战略联盟成立。
  • 2010
    • 1月8日,由长三院发起的浙江红土创业投资有限公司成立,该基金为浙江省当时独立注册规模最大的创投基金。
    • 4月8日,长三院硅谷创新基地在美国硅谷挂牌成立,并成功举办了首届“海外清华学子浙江行”活动。
    • 7月17日,时任中共中央政治局委员、国务委员刘延东视察长三院。
  • 2012
    • 长三院获批建设浙江省应用酶学重点实验室、浙江省水质科学与技术重点实验室、浙江省科学仪器设备产业技术创新服务平台等三个省级创新平台。
  • 2014
    • 5月11日,习近平总书记批示肯定长三院十年发展成就。
    • 7月9日,国家食品安全风险评估中心应用技术合作中心落户长三院。
    • 9月19日,浙江省与清华大学在我院举行座谈会,认真学习贯彻习近平总书记重要批示精神。
  • 2015
    • 6月11日,由长三院发起设立的浙华紫旌母基金注册成立。
    • 9月25日,杭州分院挂牌成立。
  • 2016
    • 6月7日,全国首家专业科技保险公司“太平科技保险有限公司”获批并落户长三院。
    • 9月28日,长三院发起的国资委首家金融资产交易所“南湖金融资产交易中心”获批
    • 9月29日,台州创新中心挂牌成立。
  • 2017
    • 4月20日,长三院参与研发、投资的年产5万辆纯电动乘用车建设项目获全国第13张新建纯电动乘用车准入资质。
    • 8月19日,长三院发起的清华浙江柔性电子技术研究院揭牌成立。
    • 8月23日,宁波分院成立。
  • 2018
    • 1月20日,长三院发起的浙江未来技术研究院落户南湖区。
  • 2019
    • 4月8日,长三院发起的嘉兴区块链技术研究院落成。
    • 12月1日,长三院作为唯一的创新平台被写入《长江三角洲区域一体化发展规划纲要》国家战略。
    • 12月11日,军民融合协同发展研究院签约成立。