近年来，浙江省持续推进“五水共治”，继全面清除黑臭河、垃圾河之后，2017年浙江省吹响了劣Ⅴ类水剿灭战的“冲锋号”，明确提出要在年内全面消灭劣Ⅴ类水。然而，当前的治水任务依然艰巨，33个省控、市控劣五类水断面有待剿灭，数以万计的劣五类小微水体仍需解决。为确保如期打赢劣Ⅴ类水剿灭战，三年多来研究院一直在探寻科技治水的有效路径，对接省、市“五水共治”技术需要，开展了一系列科技治水服务。
院生态环境研究所作为嘉兴市秀洲区“五水共治”的重要技术支撑单位，充分依托并发挥浙江省水质科学与技术重点实验室优势，主持喷水织机中水回用标准化项目，使中水回用率从15%提高到70%，为嘉兴市乃至全省喷水织机行业中水回用起到了示范引领的作用；
设计并建成思古桥村农村污水处理项目，推动思古桥村美丽乡村建设，该项目也成为中日合作农村污水处理示范工程；
设计并建成宇泗浜农村减排试点工程，日处理污水量达1200t，出水达到城镇污水处理厂一级A标准，项目是国家环保部农村污水减排试点工程，也是目前全国最大的村级生活污水处理工程。
近期，为表彰团队的治水成效，该团队被授予秀洲区首批“护水卫士”的荣誉称号，多位成员被评为“五水共治”先进个人。团队负责人——生态环境研究所所长陈吕军作为嘉兴市唯一的受聘专家，被聘为余杭区上塘河保障桥断面的首席技术顾问，负责为省控断面的污染现状会诊把脉，配合河长实行科技治水，指导服务剿灭劣V类水工作。
农村生活污水治理，是降低河道氨氮含量、剿灭劣V类水的重要措施。去年以来，我院分析测试团队作为技术顾问，积极组织力量承担了嘉兴市南湖区农村污水综合治理工程的方案设计、施工监管等工作，涉及全区31个村庄、19248户农户。通过分散式污水处理，2016年底南湖区全面完成全域内农村生活污水治理目标，排水达到城镇污水处理厂污染物处理排放标准（GB18918-2002）一级B排放标准。目前，全区的农村生活污水处理设施已基本建设完毕，进行长效运维阶段。当前，研究院已与南湖区形成专门的工作对接机制，为保证农村污水处理设施高效运转出谋划策。
截至目前，以生态环境所、分析测试中心两个团队为重点，研究院各科研平台共组织了20余位科研骨干和核心专家组成了专门的治水团队，为义乌、杭州、嘉兴等地的近20个省控、市控断面开展实地调研，为数百条河道进行水质检测、排查劣V类水断面，提出治理方案。
据悉，团队已为义乌城西街道等2条劣V类河道完成治理，其中1条河道的测试结果已达标；嘉兴朝东埭河的试点工程已启动建设，嘉善、西塘等多个治理方案已通过当地政府审核，即将启动招标和施工建设工作。