浙江清华长三角研究院生物技术与医药研究所成立于2006年1月12日，是研究院建院之初建立的五所一中心之一。研究所拥有一个省级重点实验室-浙江省应用酶学重点实验室，此外具有多个中心。研究所立足于生物医学发展前沿，以学科上有明显的优势和特点着力打造四个生物医药孵化平台：细胞治疗孵化平台、体外诊断孵化平台、新药创制孵化平台和海洋生物医药孵化平台。拟通过孵化能力建设，在嘉兴科技城孵化一批生物医药初创企业，进而带动生物医药科创园的建设。 帮助嘉兴科技城在生物医药领域逐步形成产业集聚和人才聚集。 助力“东方硅谷”、“G60 科创走廊”、“大湾区”等区域战略目标的实现。生物技术与医药研究院创办的宗旨是打造国际一流的新型创新载体。生物技术与医药研究所的任务是整合清华大学生命科学学院、医学院和药学院基础科研能力，在嘉兴打造生物医学科技成果转化基地。

生态环境研究所 (简称: 环境所) 成立于2006年，是由清华大学环境学院和浙江清华长三角研究院共同建立的环境保护技术研究机构和成果转化基地。研究所现拥有环境领域人才30余人，其中高级工程师9名，硕博人才19名。拥有浙江省水质科学与技术重点实验室等多个研发平台；两个市级重点创新团队，其中“嘉兴市水质安全保障创新团队”为嘉兴市首批重点创新团队。完成国家和省部级环保科研课题30余项，市厅和区级科研课题50余项，面向政府和企业提供环保技术服务170余项。先后获得省部级科学技术奖4项、市厅级科学技术奖14项。研究所的定位和目标是以清华大学的技术和人才为依托，大力推动浙江省和长三角地区在生态环境领域的应用技术研究和科技成果转化；建立相应的研发基地与示范工程，带动和促进地方环保产业的成长，为地方经济可持续发展服务；同时为本地区在生态环境领域汇聚和培养高级环保人才；为中外企业和研究机构的交流搭建良好的科技服务平台。

浙江清华长三角研究院食品与农业技术研究所是浙江清华长三角研究院直属科研机构，部门以发展农-食产品生产、加工制造和保存的工程技术、食物供应链绿色低碳技术、营养健康新技术，助力“农食融合”高质量发展、以保护环境质量和人群健康为宗旨；以农-食品安全，农-食品营养，农-食品供应链可持续发展为目标，突破技术壁垒，建成有特色、有影响力的国内一流农-食品科技研究与工程应用机构，凝聚一支农-食品安全与营养健康技术队伍，形成一批农-食品科技成果，促进区域农业与食品产业发展。

生态环境研究所整合所内从事水质科学与技术研发的骨干力量，组建了从事水质科学与技术研究的专业实验室，2008年成为嘉兴市水质科学与技术重点实验室，2010年成为嘉兴市水质安全保障重点科技创新团队，并于2011年11月正式获得浙江省科技厅的立项批准，启动浙江省水质科学与技术重点实验室建设。